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Genome wide assciation studiesの問題点

 Problems with genome-wide association studies
Science 2007年6月29日号

 Genome wide association (GWA) studyについて

 ここ数年間でのGWA研究で、obesity (肥満)、cardiovascular disease (心臓血管の疾患)、type II diabetes (II種糖尿病)などについてScienceに7報あり。このうち4報はsingle genetic variantかsingle cluster of highly correlated genetic variantsと報告、3報はそれぞれ数種のnew genetic associationsと報告。
しかし、問題点が幾つか。

・表現形の解析は非常に複雑である、というのは複数の遺伝的要因、環境要因、そしてそれらのinteractionなどが考えられる。従って、GWAは「hypothesis generating」と言われているが、莫大な費用がかかる割には産み出される「仮説」が少ない。果たしてcostに見合う十分なreturnがあるのか?

・100Kにも及ぶSNP解析を詳細に行うのにはサンプル数が少ない。「仮説」を産み出すにはinitial screeningのサンプル数が重要なのだが、それが不十分の場合もある。

・再現できないことがある。あるcommon diseaseがcommon riskに因るのならば、populationに依らず再現できるはず。しかしある特定のpopulationのみのriskが存在するのならば、それは他のpopulationでは再現できない。再現できなかったとしてもそれは偽陽性ではなく、そのpopulation-specific riskであるとも考えられる(偽陽性の可能性もある)。話は違うが、再現性の問題としてXBP1の例など。

故に

family data may be more informative than population data for identifying individual risks resulting from a complex combination of genetic and environmental factors and interactions.


という話なのだが、これこそ例数が足りないのではないかと思ってしまう(遺伝的要因の強さにもよるのだが)。もちろんこのような方法で明らかになったものはある、DISC1やparkin、DJ-1などはそうじゃないのかな。ただそうではない、孤発例もある。アルツハイマー病などはfamilialよりsporadicの方が遥かに多い、その人たちは…?

 昨日の夜「明日の記憶」を見ながら思った(こちらは若年性アルツハイマー病でしたが)。
 あ、映画は良かったです。家の小さなテレビではなく、映画館のスクリーンで見たかったかも。

  1. 2007/07/02(月) 19:37:46|
  2. 論文
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