日々の戯言~研究とか薬とかST250とか~

その他ダイエットや就職活動記など色々な出来事の備忘録

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最後の登校

 お元気で、と言いつつ投稿です。近くに来たので学校でネット、というのは嘘で、まだ試薬やサンプルの整理が終わっていないのです(泣)。新居の方の荷物も全部はいりましたが、整理できていないのでカオスです。すぐに研修なので、ちゃんとセットアップができるのはかなりあとになりそうです。

 ST250を点検へ出した。この一年で5700kmくらいですかね。お疲れ様です。

 最後の昼食は『ミュン』へ。365回以上は行っているに違いない。結局ミュンに始まりミュンに終わった研究室生活なのでした。
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  1. 2008/03/30(日) 23:27:41|
  2. 研究室
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一周年と二月を振り返る

 気付かなかったが、開設が3/25なので先日一周年だったらしい。最初は何を書いていいのかよくわからない、もちろん今でも。ただ、ある程度人に見られていることを意識しつつ、自分勝手に書けばいいのかと思う。


 入社をするにあたり(というわけでもないのですが)一部の記事を非公開にしました。
 具体的には2008年度採用試験についてのエントリーシートの設問です。僕がどこの会社に所属するのか、などの情報は書いていないつもりですし、ここに書いてある記事に書いている内容だけからは分りません。分かったと思っているアナタ(いるのか?)、ちょっと早とちりですよ、と言ってみる。

 まあ訊かれること自体は問題ないですし、答えることもやぶさかではないのです。ただ、いらぬ誤解を招いたりすることは本意ではありませんし、もう2009年度の採用試験も終わっていることから情報も古いという認識です。以上の点からそれほど意味のあるものでは無くなったと思いました。もちろん意味がないからと言って非公開にすることはないのですが。

 もし興味のある方がいらっしゃったらメールフォームにてお問い合わせ下さい。それよりも実際に2009年度の採用試験を受けた方の情報の方が有益かと思います。
 勝手に転嫁してしまいますが、『悩めるブログ』にてtkkyさんが2009年度の採用試験について書いていらっしゃいます。こちらの方がはるかに参考になると思います、是非一度ご覧になられることをおすすめいたします。


 2月は色々ありすぎて覚えていないことが多い。ただ、忘れられない月になるだろうな。

ー私の目に見える現代は…既に歴史だ!オモチャの箱さえ光り輝いて記憶されるだろうー
ニコラス・J・ベネット(『沈黙の艦隊』より)

2月
(2007年8月~)
ユニークアクセス23549
トータルアクセス45632



 今日荷物を出して、明日搬入。28年間で8回目の引っ越し。その中で6年半過ごしたというのはいままでで一番長い。色々思うところもあったが、気分一新という意味ではよいのかもしれない。上野公園や谷中霊園の桜は今まで以上にきれいだった。過去は美化される傾向にあるのですが、現代すら美化され始めているのか?*1

 新居はまだネット環境にないですし、当分は研修なので更新できないかと思います。皆様お元気で。

*1
なんかアブナイ人みたいだ
  1. 2008/03/28(金) 23:35:41|
  2. 日常@東京
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つくばに行ってきた

 とりあえず入居日だったので行ってきた。行きはSTで、今回は常磐道で三郷-谷和原を通ったので結構早く着いた。現地は結構なところで何もない(>_<)
 最寄りのスタバまでが遠い…。それどころか最寄りのコンビニの場所さえまだ把握できていない…。大丈夫なのか…?
  1. 2008/03/26(水) 23:48:01|
  2. 日常@東京
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三菱生命科学研究所の閉鎖

 私が浮かれていた時に研究所の閉鎖のニュースが流れていたのですね。今日、後輩に教えてもらいました。
 民間出資で基礎の研究を行う研究所はそれほど多くないので残念です。知り合いもいるのですが、「就活しなきゃ」と仰っているみたい。頻繁な就活はアカデミアに身を置く者としては覚悟しなければならないことですが、それにしても突然すぎる気がします。ファイザーの研究所(これは基礎では無いですが)の時は噂レベルでいくらでも話は聞いていたのですが、これは全く知りませんでした。神経科学の分野では結構レベルの高い研究を行っていたのでそういう意味(サイエンスの停滞?)でも残念です。
 この研究所で行っていることは完全に基礎研究だったと認識しているので「研究テーマの事業化」はなかなか難しいと思います。まあそれは分かっていたことでしょうが…。結局本格的に基礎研究を行うのは国立/独立行政法人の大学もしくは研究所しかないのでしょうか。
 解散というか部署の閉鎖ということはどこの企業でもよくあることかな。いやはや、怖い怖い。

 三菱化学は24日、傘下にある三菱化学生命科学研究所(東京都町田市)を2010年3月に解散すると発表した。同研究所は1971年の設立以来、遺伝子などの基礎研究や生命倫理に関する提言などで知られてきた。ただ研究テーマの事業化が難しいことや、同じ三菱ケミカルホールディングス傘下で医薬事業が拡大していることから解散に踏み切る。
 (中略)
 ただ近年は事業化に結びつく事例が少なかったうえ、ほかの大学などでも同様の研究が行われるようになっていた。(00:02)

『NIKKEI NET(日経ネット):三菱化学、「生命科学研」を解散・71年設立、多数の研究者輩出』


  1. 2008/03/25(火) 23:22:02|
  2. 戯言
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学位記授与式だった

 今日、学位記授与式があり、学位記なるものを頂けました。博士(薬学)らしいです。とりあえずは終わったことになりますが、むしろこれはスタートでしかないと思っています(職業にもよるかとは思いますが)。明日からもこれまで以上に頑張ろうと思います。
 
  1. 2008/03/24(月) 22:57:24|
  2. 研究室
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週記

ちょっと忙しいので一週間まとめて。

3/16 (日)
 不動産関連でつくばへ。いつもはTXだが、一度くらいSTで行ってみたかったので久しぶりに乗る。比較的暖かかったので気持ち良かったが、出発が9:30と日曜にしては朝が遅い。そのため国道6号があり得ないくらい混んでいた。いや、「ありえない」というほどではないが、結局11過ぎになっても柏市内をのんびり進んでいた。結局12:30到着。
 行きがR6→R408、帰りがR294→R6。往復で160km位、意外と遠いし時間がかかる。ただ、つくばは野原が広がっていたのでそれはそれで恵まれた環境だ。田舎とも言うけどね(^^:)


 3/17(月)~3/19(水)は薬理学会。諸事情により演題をほとんど見ることはできなかった。特に柳沢正史さんの話を聞きたかったのだが…残念。最終日に医薬品医療機器総合機構の方や、アステラスの竹中会長、ベンチャーの方々などのシンポジウムを聞いた。企業に行くにはもっと強かにならないといけないな…。
 会社の同期となる人ともおしゃべり。配属の話を聞いたが、その人の配属はちょっと意外だった。


 いくつか気になっていた論文があるがあまり時間がないのでメモだけしておく。

Activation of estrogen receptor-beta regulates hippocampal synaptic plasticity and improves memory
Liu F, Day M, Muniz LC, Bitran D, Arias R, Revilla-Sanchez R, Grauer S, Zhang G, Kelley C, Pulito V, Sung A, Mervis RF, Navarra R, Hirst WD, Reinhart PH, Marquis KL, Moss SJ, Pangalos MN, Brandon NJ.
Nat Neurosci. 2008 Feb 24 [Epub ahead of print]
 エストロゲン受容体ベータと海馬の可塑性および学習の向上。

Astrocytes as determinants of disease progression in inherited amyotrophic lateral sclerosis.
Yamanaka K, Chun SJ, Boillee S, Fujimori-Tonou N, Yamashita H, Gutmann DH, Takahashi R, Misawa H, Cleveland DW
Nat Neurosci. 2008 Feb 3 [Epub ahead of print]

アストロサイト(というかグリア)は結構好きなのだが、アストロサイトとALSについて。GFAP-CreとloxSOD1G37Rを掛け合わせて(GFAP promoterの働く)アストロサイトのみでSOD1の機能を阻害する、というマウスを作製。ALSの発症にアストロサイトが重要な役割を果たす…ということになっているのかな。

A Cholesterol Biosynthesis Inhibitor Blocks Staphylococcus aureus Virulence.
Science. 2008 Mar 7;319(5868):1391-4.
Liu CI, Liu GY, Song Y, Yin F, Hensler ME, Jeng WY, Nizet V, Wang AH, Oldfield E.
2008 Feb 14 [Epub ahead of print]

 黄色ブドウ球菌のdehydrosqualene synthase (CrtM)の構造解析を行ったところ、human squalene synthase (SQS)と似ていたとのこと。そして9種類のSQS inhibitorsでCrtMの活性に与える影響を検討してみたところ、3つが効いた。そのうち一つはコレステロールを下げる作用がヒトで見られた。 「構造から創薬?」と一瞬思ったが、そういうわけでもないですね。まあでもすごい。
 SQS阻害剤だとTAK-475が最初に思いつくわけですが、その後フォローしていないのですが、どうなっているのでしょうね*1
参考:『日々の戯言~研究とか薬とかST250とか~ 武田は難産』(2007/11/06)

*1
武田のホームページによると「高用量試験を中断するとともに、FDAより要請された追加臨床試験について現在協議中。」とのこと。
  1. 2008/03/22(土) 23:09:13|
  2. 日常@東京
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カリオストロの動画

 まあ薬理学会中ということで息抜きに…と言いつつ予約投稿です。昨晩は横浜に宿泊した…ハズ。

 クリックすると音が出ます。


 ご存じカリオストロの城、この映画はかなり好きです。たまたまYoutubeでみつけたのですが、関連動画で秀逸な作品を見つけた。


『YouTube - 「カリオストロの城」を「もののけ姫」でアフレコ 』
ううむ、この才能に嫉妬する…。
  1. 2008/03/18(火) 23:49:18|
  2. 日常@東京
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高血糖による海馬機能の低下はグルココルチコイドを介する

Diabetes impairs hippocampal function through glucocorticoid-mediated effects on new and mature neurons.
Stranahan AM, Arumugam TV, Cutler RG, Lee K, Egan JM, Mattson MP
Nat Neurosci. 2008 Feb 17 [Epub ahead of print]

 ちょっとナナメ読みもいいところなので、解釈しきれていないけれど…。

 まず糖尿病には二種類ある:1型はinsulin dependent、すなわちインスリンが無くなってしまっている。こちらは遺伝的素因は少ないとされれるが、生活習慣病ではない。2型はinsulin independent。遺伝的因子と生活習慣がからみあって発症する生活習慣病であり、糖尿病全体の9割を占める。高血糖の脳機能への影響としては認知障害のリスクを上昇させるなどがある。また、高血糖はHPA axisに影響を与えることが知られているが、糖尿病における認知障害などに神経内分泌系が関与するのか否かという点については不明。
 また、一般的にはモデル動物の場合、ほとんどが1型の糖尿病を模倣しているが、実際の患者数は2型の方がはるかに多い。
 
 この論文ではinsulin-deficient ratsとinsulin-resistant miceを用いている。マウスとラットの差はあるものの、1型と2型の糖尿病両方のモデル動物を使用していることになる。
 本論文ではいずれのモデル(インスリン依存性糖尿病モデルラット*1およびインスリン抵抗性糖尿病のモデルマウス*2)でも海馬依存的な記憶の障害*3、perforant path synaptic plasticityの抑制、成体における神経細胞の新生の抑制が観察された。また副腎皮質ホルモンであるコルチコステロンを多めに投与することよってもこれらの現象が観察された。いずれのモデル動物においてもコルチコステロン濃度が一定に保たれた場合*4には海馬の可塑性の異常は認められなくなった。従って高血糖によりコルチコステロン量が増え、シナプス可塑性や神経細胞の新生などが抑制され、認知障害などが引き起こされると言う可能性が考えられる。
 なお、 新生する神経細胞数が抑制される、ということに関してはAraCの投与により模倣して、同様の結果が得られている。

 結局高血糖とHPA-axisの話はよくわからなかった…。

*1
streptozocin投与

*2
db/db mouse

*3
novel object recognition test

*4
ADX+飲み水にcorticosteroneを入れておく。
  1. 2008/03/17(月) 23:33:32|
  2. 論文
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亜鉛イオンによるTrkBの活性化

Zinc-Mediated Transactivation of TrkB Potentiates the Hippocampal Mossy Fiber-CA3 Pyramid Synapse
Neuron. 2008 Feb 28;57(4):546-58.
Huang YZ, Pan E, Xiong ZQ, McNamara JO.

McNamaraのところから。図8がまとめで、それを信じた上で一言で言ってしまうと亜鉛イオンがTrkBのtransactivationを引き起こす(簡略化しすぎか…)。

 亜鉛イオンが細胞内に入り、C-terminal Src kinase (Csk)を阻害する(これは直接作用であることが既報により示されているらしい)。この阻害によりSrcが活性化し、TrkBのリン酸化が起こる。亜鉛の放出などに関してはBDNFは関係ないようなので、BDNFとは全く関係ない経路でTrkBが活性化するということ。

 現象としては面白い。機構の解明としては若干不十分かと思うところも。亜鉛イオンが細胞内に入るというところは全く実験が行われておらず、speculationの域を超えていない。最初に見た時はmatrix metalloproteinaseなどを介しているのかな、と思ったし、その可能性は排除しきれていない。

 …と思ったのだが、図2Eでzinc ionophoreを使った実験をしていますね。Zinc ionophore処置によりTrkBが活性化し、zinc chelatorでその作用は見られなくなっている。やはり読まなきゃだめですね(^^;)。
 もう一点ちょっと気になったのはzinc ionophoreで細胞内に入るのはzincのみなのかということ。細胞外のzincが必要なのはいいのだが、それが細胞内に入る必要性というか、zinc ionophoreの特異性というか…。ちょっと調べてみよう…。



 Metalloproteinaseについてちょっと調べてみたら、やはりそちらの論文もあった。まあそうだろう、という気がするが、そうするとこのNeuronの論文はどういうmotivationで行われたのかが気になる。また、どちらの寄与が大きいのか、などについては詳しく読んでいないのでわからない。

Activation of the Trk signaling pathway by extracellular zinc. Role of metalloproteinases.
J Biol Chem. 2005 Mar 25;280(12):11995-2001.
Hwang JJ, Park MH, Choi SY, Koh JY.
  1. 2008/03/14(金) 23:44:57|
  2. 論文
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研究支援系バイオベンチャーの受難

 『研究支援系バイオベンチャー、7社が経常赤字に』2008/03/12日経テレコン21の記事を読んで。

 「ポスドク問題」は色々なアテが外れた結果なのだろうが、バイオ産業が思惑通りには育たなかったのもその原因の一つなのかもしれない*1

 遺伝子受託解析や研究機器販売などの研究支援系バイオベンチャー企業の業績は主要8社のうち7社で経常損益が赤字となりそうだとのこと。遺伝子診断の市場が広がらない+主要顧客である国公立大学の法人化による予算絞り込みが響いている。5社が3期以上連続赤字となる見込みで、事業が軌道に乗らず苦戦が続いているらしい。
 たとえば、免疫生物研は、アステラス製薬に販売開発権を供与した医薬候補品からのライセンス収入が見込みを下回る。エフェクターはがん治療薬などの研究開発費が重荷になっており、細胞の動きを解析する装置の販売も振るわない。アステラス製薬と新薬候補物質を共同で探索する契約を結んだが業績への寄与は未知数らしい。

 この辺は製薬会社の事情も絡んでくるので難しいですね。製薬自体がそれほど余裕があるわけではないのでベンチャーに投資できる金額は限られてしまうのでしょうか。

 経常増益を見込むのはタカラバイオのみらしい。売上高は若干減っているが諸経費を圧縮した結果、経常利益は前期の10倍になるとのこと。恥ずかしながらタカラバイオがベンチャーだというのは知りませんでした。私の中で遺伝子工学関連試薬は「とりあえずTaKaRaに」という思考になっています(^^;)。

 政府は01年度に1兆3000億円だった国内バイオ関連市場を10年で25兆円に広げることを目標に掲げたが、民間調べでは06年時点で1兆8500億円にとどまる。バイオベンチャーの参入が相次いたが、伸び悩む市場と経営力不足から苦境を脱せないでいる。


 バイオ関連市場が25兆円規模になる図がまだ思い浮かびません(国内医薬品がは8兆円程度、外食産業や化学業界が約25兆円、パチンコが約30兆円)。バイオもそれだけの規模になれば現在「余って」いるポスドクや院生を吸収してあまりあると思うのですが…。一つのお手本は化学業界な気がします、いや根拠はありませんが。
 大学が独立行政法人化で予算が絞り込まれて産業が育たない、するとますます受け皿が無くなる、という論調。一種のネガティブフィドバックがかかった感じですね。ただ大学の予算はそれほど多いわけではないのでこれが産業が育たない原因だとは思えません。ただ、正直言って現時点では原因どころ問題点すら理解できていません。あまりにも勉強不足だなあ(>_<)


 他方海の向こうでは…

全米ベンチャーキャピタル協会(National Venture Capital Association)のマーク・ヒーセン会長は、米国衛生研究所(NIH)の研究予算が10年間で倍増したことの波及効果であり、NIHの支援による研究成果が商業化につながりつつあるとの見方を示している。
『初期段階のバイオ企業への投資が増加(米国) - ジェトロ』より


 ううむ、現状を打破するには結局お上頼みですかね…。頼めるお上がいれば…。

*1
色々複雑に絡み合っていて単純に「原因」と「結果」に分けられるものではないのかもしれない。「象徴的なこと」かな。
  1. 2008/03/13(木) 23:39:16|
  2. 薬・製薬会社
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色々忙しいですね

・学振の年度末報告書…時間がないので一瞬で終わらせる。

・研究室のセミナー…とりあえず6年分全て終了。

・薬理学会のポスター…英語で作ったら日本語に直せとの指令が。とりあえずできたのであとは印刷。

・大学の合格発表が先日あった。毎年賑わうが今年はあまり外に出なかったので静かだった。大学に入学したのは2000年代ではなかった(1999年度)というのは若干の驚き…はるか遠くになりにけり。

・入社後の研修…どうやら二週間ほど関西で行うらしい。とりあえずは全職種共通、果たしてMRの若さについていけるか…。色々書類を読んでいるとどうやらTOEICの試験を受けさせられるらしい。英語の資格試験は英検を前回のねずみ年のときに受けて以来…。慣れが重要との話をよく聞くとりあえず付け焼き刃的に問題集を購入。

・夜は白山ラーメンへ、前回置いて行ってしまった人と共に。若干塩辛くなっていた気がする。ちなみに物価値上がりのため、ということで卵が半分になっていた。引っ越し前にもう一回行く予定。

・引っ越し関連は面倒くさい…電気、水道、銀行、クレジットカード、郵便、学会、インターネット、他に何かありましたっけ?

30000
  1. 2008/03/12(水) 23:30:35|
  2. 日常@東京
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抗体医薬メモ

 抗体医薬関連での覚書。

『新薬不足の日の丸製薬が傾注する 急成長“抗体医薬ビジネス”の難易度|産業レポート|ダイヤモンド・オンライン』2008年02月25日 週刊ダイヤモンド編集部

・医薬品市場の成長は鈍化しているなか、抗体医薬市場は30~40%の成長。

・昨年キリンファーマと協和発酵が経営統合。サイズを狙った統合ではない[医薬品事業は合算しても1987億円の売上(2006年度)]が抗体医薬が最初に注目された1980年代から研究を続けてきた、先頭を走る2社の合併のため業界の注目の的となっている。なお、両社と中外を合わせて「抗体御三家」という。

・協和発酵は抗体医薬の効果を100倍以上に高める「ポテリジェント技術」を確立、キリンファーマはマウスからヒトの抗体を取り出す「ヒト抗体産生マウス」の開発に成功し、両社は国内外の製薬会社に技術をライセンスしている。自社開発品の発売に加えてライセンス収入が見込める15年頃には抗体医薬は、事業の柱に育っている可能性が高い。

・HTSなどで生活習慣病などはある程度治癒することができるが、業界のターゲットが完璧な治療薬が出ていない“難病”に移った。しかし低分子量化合物医薬品は、新薬候補の探索が進んだことや、副作用・有効性に対する審査の厳格化など、当局の規制が強化されたことなどもあって近年、新薬が出にくい状況が続いている。抗体医薬は特に「ガン、自己免疫疾患、アレルギー、感染症などは有望分野」(増保安彦・東京理科大学薬学部教授)と期待される。

・近年では人間に投与しても問題が起きにくい抗体の開発に成功しており、化学合成の医薬品に比べて、臨床開発に入った後の製品化に結び付く確率も高い。

・医薬品は、特許切れ→ジェネリック(後発医薬品)への移行で、売り上げが激減するが、抗体医薬は後発品への移行が起きにくい。バイオ医薬品版ジェネリックともいえる“バイオシミラー”は「日米ではまだ認められていない。欧州は(臨床試験が必要など)条件付きで、バイオシミラーの製造企業にうまみがない」(三箇山俊文・キリンファーマ研究本部本部長)のだ。しかも抗体医薬のバイオシミラーは特に難易度が高い。

・今後も抗体医薬の市場は拡大する可能性は高い。先行する海外では20を超える抗体医薬が発売されており、2012年には4兆5000億円の市場になるとの予測もある。

・日本の製薬業界全体として見れば、取り組みが遅れた印象は否めない。副作用問題などで、「抗体医薬はモノにならないという声があった」(岡部尚史・中外製薬創薬企画推進部長)。90年代初頭に、多くの製薬会社が抗体医薬の開発から手を引いてしまった。→抗体医薬の爆発的売り上げの伸長もあって、製薬会社のスタンスは一変。海外展開する武田薬品工業、第一三共、アステラス製薬、エーザイの4大製薬会社も“時間をカネで買う”戦略に乗り出し、製品や技術のライセンス契約が相次いだ。ここ1年はエーザイの米モルフォテック社、アステラスの米アジェンシス社など、技術を持つ会社ごと買収するケースも増えている。

・研究開発体制の整備も始まった。武田薬品は2007年11月、バイオ企業が集積する米国に抗体医薬の研究拠点「武田サンフランシスコ」を設立。アステラスは2007年10月に茨城県つくば市の分子医学研究所で抗体医薬の研究を開始。エーザイは2007年5月に、筑波研究所、モルフォテック、ガン研究所など研究拠点のトップで「抗体研究コミッティ」を設置した。

課題も浮上

・遅れを取り戻すためには、さらなる新薬候補を持つ会社の買収は不可欠だが、90年代から続く欧米勢のM&Aで、「有望な会社はすでに買収されてしまった」(設楽研也・協和発酵抗体事業室長)のが実情。

・製造体制の構築はいっそう深刻な問題、そのため新規参入する企業はある程度の品揃えができるまでバイオ医薬品の製造受託会社に製造を委託するのが普通だが、相次ぐ製品開発と需要の急増で、受託会社の製造能力は限界に近づきつつある。現時点で製造問題を回避できるのは自前の設備を持つ中外製薬だけ。

この辺のことは、中外の説明会に行った時に(半ば自慢気に)話していたが、こういう事情だったのですね。ただ、世界のスタンダードとなっていることを「国内で唯一」とか言っている時点で国内の惨状が…。

・2008年2月4日、武田薬品は米アムジェン社と抗体医薬などバイオ医薬品を中心に13品目のライセンス契約を結び、アムジェン日本法人の買収を決めた。「パイプラインの強化に資する」(長谷川閑史社長)のが目的だ。だが同時に、アムジェンの製造設備・ノウハウへのアクセス権も狙った、と考えるのはうがった見方でもないだろう。

 実際にとある製薬会社のオンライン資料で、パイプラインの強化だけでなく技術や設備の獲得も買収理由だと明記してあった。うがった見方ではないのでしょう。
  1. 2008/03/11(火) 23:36:49|
  2. 薬・製薬会社
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アデノシン受容体拮抗薬KW6002は非承認

『BioToday - 協和発酵 パーキンソン病治療薬候補に対してFDAから非承認が通知された』
 KW6002はアデノシン受容体A2A阻害薬。どうしてパーキンソンに効くのかはよく分からない*1のですが、こういう新しそうなメカニズムを追う会社は好きです。
『協和発酵ホームページ 抗パーキンソン剤KW-6002の海外臨床第Ⅲ相試験の成績について』

ちょっと残念ですが、協和発酵関連では別のニュースも。
『時事ドットコム:協和発酵、抗体の権利を米アムジェンに譲渡=契約一時金は1億ドル』

協和発酵工業は6日、自社で創製した新薬候補物質で、アレルギー性鼻炎や血液がんの治療薬として臨床試験を進めている抗体「KW-0761」について、米製薬大手アムジェンに対し、日本、中国、韓国、台湾を除く全世界で独占的に開発販売する権利を譲渡すると発表した。


 アムジェンに出すくらいなので協和発酵の抗体技術というのは世界に認められていると言っていいのではないかと解釈しています。キリン協和発酵の抗体技術は注目ですね。


*1
PubMedでadenosine receptorとparkinsonで入れると結構出てくるのですね。

  1. 2008/03/10(月) 23:44:42|
  2. 薬・製薬会社
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『あわせて読みたい』と神経回路

 明日に続く、といいつつ話はそれます。でももともとは一つの記事で、こちらの方がメインでした…。

 Mixiのことを書いていて『mixiGraphとポスト・コネクトーム:生命の理解、そして「理解」の理解。』で紹介されているmixiGraphというソフトを思い出した。まあネットワークを見るのが興味深いのだが、脳は機能を見る必要があるので若干違うというお話も。
 それはともかくとして、構造として見る場合に脳はmixiよりも『あわせて読みたい』の方が近いのではないかと最近思った。神経細胞に例えるならば、Mixiは必ず双方向性のoutputを行っている(お互いがお互いにつながっている)のに対して『あわせて読みたい』は双方向性もあれば一方向性も場合もある。また、読まれなければリストから消えるという「動的」な面もsynapseのeliminationなどを彷彿とさせる、というのは妄想しすぎですかね。他にも全ての結合が等価ではない点(上から順に読まれている度合いが大きい)やスケールフリー性、スモールワールド性、クラスター性などを有する(これは『あわせて読みたい』の性質ではないが)。もちろん「ターゲットの数が10個と規定されている」*1、全ての投射が質としては同じ(興奮性も抑制性もない)など他にもいくつかモデルとしては不十分な点もあるが、『あわせて読みたい』は思いのほか面白いなと思いつつもmixiはコミュの利用だけだろうなと思った一日なのでした。
 企画されつつある伊豆ツーリングには参加したいと思うけれど、残念ながら四月の土曜日も忙しそうなことが判明したorz。

*1
この点に関しては「あわせて読まれている程度」によって閾値を切ることにより解決すると思う。すなわち、ある程度以上「あわせて読まれている」サイトだけを表記すればいい。
  1. 2008/03/08(土) 20:02:50|
  2. 戯言
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僕がMixiをあまり使わない理由

http://d.hatena.ne.jp/TomoMachi/20080303
http://d.hatena.ne.jp/textfile/20080304/mixi
http://japan.cnet.com/news/media/story/0,2000056023,20368643,00.htm
http://d.hatena.ne.jp/tek_koc/20080304/1204583674

 使う側がそのように言っているのならばそれに対応した使い方をすればいい。個人的にはそれほど大した目的では使っていないので問題ないし、大部分の記事はとっくに削除してしまった。これがFC2でも行われる、ということだったらかなり困ったのだが。
 Mixiに入っていて唯一のメリットがあったとしたら、コミュニティに参加してオフ会などに参加できた点かな。普通の掲示板とかだと参加しづらいが、Mixiだと参加しやすいという不思議。これは危険な考え方だな…。
 今回の変更で自分の書いたものに対して自分が著作権を主張することができない、という理解でよろしいのですよね。まあ大したことを書いているわけではないので勝手に出版されること自体は全く問題がないのですが、改編されるのは勘弁してほしいです。まあもともとコミュニティ目的でしか入っていなかったのですが。

 と思っていたら説明が。
mixi、4月に規約改定。「日記等の著作物はユーザー自身が権利を有する」 』
 あわてて取り繕ったような印象。


 話は若干それるが、勝手に出版されなくても困る記事を他人が書いている場合がある。例えば集合写真(別にあらたまったものではなく、飲み会での一コマなどでも)を勝手にその人のブログに載せる場合。具体的に身近にいるわけではないが(というか身近な人の日記は読まないので知らないだけなのだが)。まあ自分や家族とかはともかく、例えば同僚とかでもそういう配慮は必要だと思います。自分の写った写真が勝手に載せられても「肖像権の侵害」とか言えば消してもらえるものですかね?それも角が立ちそうだから、やはり載せる方は配慮して欲しいものです。


 僕がmixiが好きではないのは、結局実際の知り合いとのコミュニケーションが主になってしまう点。いや、SNSだからそれが目的だろう、とかブログでも一緒だろうと言われたらその通りとしか言いようがない。結局内輪だけで盛り上がる的なことはあまり好きではないのかもしれない。従って、ネット上ではなるべくリアルの知り合いとはコミュニケーションを取らないようにしている。ネットで知り合った人に比べてどうしてもお互いの情報量が多いため、一種の排他的空間というか、ネット上の付き合いだけでは入りづらい場を形成しがちだから。そのため全体のコメントなどの数としては多くないが、ネットで知り合った人(not 出会い系^^;)とのコミュニケーションが主になっている。その方が自分自身の人間関係にも多様性も生んでいることは間違いないし、知っている人だけとコミュニケートするよりもはるかに有意義だと思う。このような考え方のため他にも好きでない理由がある。それは検索エンジンに引っかからないこと。ここまで読んで下さればなぜ検索エンジンに引っかからないことが好きになれない理由なのかは容易に想像できるかと思います。
 もちろんSNSにはSNSなりの使い方があるのでうまく使えばいいのではないかな。はてなやFC2でもプライベートモードにもできるがMixiなんかでもそのように対象を絞れば、たとえばネット上でdiscussion、なんかには適しているのではないかと思う。非公開の掲示板みたいに。人それぞれに使いたい方法論があると思うので、これは単なる個人的な意見、別に誰かを非難しているとかではなく。


 だからFC2で書いているのだが(FC2である必要はないか…)、誰にもこの日記を書いていることは伝えていない。まあ実名を出しているわけではないのだけど、読む人が読めば僕が書いているということは分かるでしょう(^^;)。ただ誰にも言っていないということは、それすなわち全ての読者(同じ研究室で読んでくれている人々も含めて)はネット経由でここにたどり着いたことになる。読む人全てが等価な情報を持ちうる状態を作りだそうというという試みです。実際に持つかどうかは読者次第なので、結局は濃淡ができてしまうのだろうな…。
 また、こういうことを書いてしまうと実生活で僕のことを知っている人がコメントをしづらいような状況にもなってしまいかねない。特にhesitateする必要もないですよ、と書いておきます(いや、本当にそう思っています)。

明日に続く
  1. 2008/03/07(金) 23:27:58|
  2. 日常@東京
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人生色々

  修士発表のときに質疑応答でスライドを戻すときに「Ctrl+S」を使う人が多かった。むやみやたらに矢印を押して戻るよりははるかにいいのだが、思ったほどよくはない。
 以前『プレゼンハック ~プレゼン改善のための10個の小技~ | IDEA*IDEA』で知った方法の方が良いのかもしれない。

a. [(ページ#)+Enter]


である。スライドショー時にページ番号+Enterを押すとそのページ番号へと飛ぶことができる。もちろん覚えていないと無理なのだが、手元の資料にページについて箇条書きメモでもあれば一発で飛ぶことができる。
 同期に聞いても知らなかったので、意外と知られていない方法なのかもしれない(もちろん僕も一か月前まで知らなかったわけだし)。
 一度お試しあれ。


『Identification of a serotonin/glutamate receptor complex implicated in psychosis』
González-Maeso J, Ang RL, Yuen T, Chan P, Weisstaub NV, López-Giménez JF, Zhou M, Okawa Y, Callado LF, Milligan G, Gingrich JA, Filizola M, Meana JJ, Sealfon SC.
Nature. 2008 Feb 24 [Epub ahead of print]
[精神障害に関与するセロトニン/グルタミン酸受容体複合体の同定]

 アブストもまともに読んでいないのですが、統合失調症とセトロニン2A受容体とmGluR受容体。まあどちらもあった話なのだが、なぜこれがNatureに載るのかが良くわからない。それらの受容体のinteractionやシグナル経路のintegrationが新しいということかな。読んでみよう。


 でも、今週号のNatureで目を引いたのは上の論文ではない。
『Nobel prizewinner's paper retracted : Nature News』

“There were inconsistencies in the data that were in figures contributed to the paper by the first author compared to the original data,”


 生データとpublished dataがの乖離があるとのこと。

 さらに頂けないのが次の項。

A synopsis of author contributions, published together with the retraction (see page 120 ), lists co-first-author Zhihua Zou as solely responsible for providing data and figures for the paper. Zou, now a researcher at the University of Texas Medical Branch in Galveston, did not respond to Nature's requests for comment. Lisa Horowitz, who shared first authorship with Zou and continues to work in Buck's lab, was credited only with providing reagents and designing experiments.


Zouさんはもう別の所に行ってしまった。またHorowitzさんは今もBuck研にいるが、providing reagents and designing experimentsしか行っていないとのこと。これでequal firstになれるのですか?



 話は変わって学振について。
 どうやら先日のFAXだけでは不十分で辞退届も出さなければいけなかったようだ。締切は二月末(>_<)やってしまった。
 今日発送、電話したら来週の金曜日までなら…ということだった。


 某所のST250コミュでツーリングの話題がでる。3月/4月の土曜に伊豆らしい。3月は無理だし4月はどうなっていることやら…しかもつくばだし…。個人的には東海岸(伊東、伊豆高原、河津等)や内陸部(修善寺、湯ヶ島等)は行ったことがあるが、西伊豆には全く行ったことがない。電車が通っていないのが大きな理由だったが、今なら行ける。出来れば参加したいところ。



 カゴメ<2811>、モスフードサービス売却、合わせて12000円程度の利益。なんだかせせこましいなあ。投資額が少ないからだと思うけど、これではlow risk low returnだなあ。まあ飲み代が目的なので損をしなければいいだけ。
  1. 2008/03/06(木) 23:28:30|
  2. 日常@東京
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富士(フイルム)+富山(化学)=富士山?

 まあタイトルはふざけているわけですが、SIUさんのところで素晴らしい考察が。

『「富士フイルム富山化学の買収を発表」について考察その1 - 「日々これせっせとお薬作り」 -製薬会社新米研究員SIUの日常-』

『「富士フイルム富山化学の買収を発表」について考察その2 - 「日々これせっせとお薬作り」 -製薬会社新米研究員SIUの日常-』

『「富士フイルム富山化学の買収を発表」について考察その3 - 「日々これせっせとお薬作り」 -製薬会社新米研究員SIUの日常-』

『「富士フイルム富山化学の買収を発表」について考察その3.5 - 「日々これせっせとお薬作り」 -製薬会社新米研究員SIUの日常-』

余計な要約などを不必要ですね、リンクを張るだけ。

これを読む限り、今回の富士フイルムの動きはサントリーが「また医薬事業を始める」と言い出すようなものでしょうか、というのが率直な感想というか印象です*1

*1サントリーの医薬事業部→第一サントリー→第一アスビオ→アスビオの間に親はサントリー→第一製薬→第一三共になったのですよね、確か。



 修士発表でした。M2の皆さまはお疲れ様、良い発表でした。
  1. 2008/03/05(水) 22:45:53|
  2. 薬・製薬会社
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順位戦最終局と名人戦の希望

 ktatchyさんに触発されたわけでもないが(『ある理系社会人の試行:将棋界で最も長い一日』)、たまには将棋の話でも。ちなみに私はヘボです(Yahoo将棋でのレーティングは持ち時間7分位で1700程度です)、それが前提。
 先日書いたばかりだが、個人的には森内俊之名人を応援しているので挑戦者が誰になるのかは興味津々でした。ただ前節までに大勢は決まっていたので予想通りの結果とも言えるとおもいます。結局挑戦者は羽生善治二冠、先週『『NHK プロフェッショナル 仕事の流儀』』を放映していたのだが、昨晩も放映していた。さすがに食傷気味なので見なかったが…。
 それはともかくとして、日本将棋連盟のページにもありますが、森内-羽生の名人戦はここ6年間で4回目です。第61期、第62期は羽生さん森内さんがそれぞれ勝ちそうだと思っていて、そのまま勝ったのですが、第63期だけはちょっと意外な結果になりました。今期は羽生さんの方が調子が良さそうですが、森内ファンとしては4勝2敗で防衛と期待します。
 最高峰の戦いなのでヘボには一手一手の意味とかは良くわからないのですが、見ていて胃が痛くなるような戦いが見られればと思います。

 その他は佐藤康光二冠が6連敗で危なかったのですが、最後3連勝で残留したのはさすがです。ただ、どこかの新聞に書いてあったような気がするのですが、業界の人々には6連敗してダントツの最下位でも「それでも佐藤は落ちないだろう」という信用があったみたいです。これだけの信頼を勝ち取り、しかもそれをやってのける佐藤さんはおみごととしかいいようがありません。


 最近(といってもここ5年くらいだけど)の羽生-森内戦で特に印象に残った一手について勝手にピックアップ。

名人戦
 第63期名人戦第2局。ここから▲4八金!指されてみればなるほどという気もするし、おそらく手筋なのだろうが、スゴイ。













王将戦
こちらは第53期王将戦第6局
ここから▲8四角!これは昼間だったにもかかわらずネットの実況を見ていたのだが(ダメなやつだ…)なんだこりゃ!?という第一印象でした。これも指されてみれば納得ですが、その場でひねり出せのはすごいと思います。

 将棋の 作戦を練って、対局に臨み、予想外のことが起きても最善の策を考える というプロセスからは学ぶことが多いと思います。レベルや実際に行っていることは全く違いますが、羽生さん、森内さん、佐藤さんにプロフェッショナルというものはかくあるべきだという姿を感じた一日でした。
  1. 2008/03/04(火) 23:55:20|
  2. 戯言
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学振と製本と住居

・先週学振より書類来る。来年度の所属は変わるのでFAX。

・博論の印刷終了、あとは製本と提出だ。

・家が決まった、つくばは安いですね。場所を決めるにあたりSIUさんにアドバイスをいただきました。見ていらっしゃらないと思いますが、ありがとうございます。
 会社にもよるでしょうが、引っ越しなどは全てを自分でする必要がないのですね。色々手配して貰えて助かります、補助(?)も出るみたいだし。こういうものは大学教員も出るのなのですか?例えば東大准教授→京大教授になったときに補助は出るのですか?ということです。こういうのは「給与」として表には出ないが結構大きい。ただ、会社からすれば何の実績もないぺーぺーに投資していることになる、例え額が大したことなかったとしても。「あいつからは回収不能だった」と言われないようにしよう(>_<)*0
 あとつくばに関しては、車が必要なのかということが気になる。できればST号でなんとかしたいのだが、買い物とかは大変ですな…。

・ST号で思い出したのだが、企業は基本的に土日の両方を休むことができるのですよね♪ツーリング行き放題、かと思いきやそうはならないと思う。狭義でも広義でも分野が変わるので*1相当勉強する必要があると思う。

・3月は時間があるのではないかと思ったが結構忙しい。lanzentraegerさんの日記とかをちょうど一年くらい前に見ていて羨ましかった記憶があるのだが、全く余裕がない(>_<)。


*0
会社のスタンスって

「100人のなかから1人でも使い物になれば(100人分を)十分回収できる。残り99人はその1人を邪魔しなければいい」

なのか

「全員が十分に働いてもらわなければ困る」

なのでしょうか?まあ100人中50人が十分働けばいい、などという考え方もあるでしょうけどとりあえずはall or none的に。
 
(かなり記憶がアヤシイのですが)前者は京大理学部の教員が言っていたとか言っていないとか…
「100人中1人天才がいればいい、後の99人は邪魔をしなければいい」
と。さもありなん。
 まあ人件費が発生している以上頑張らなきゃですね。

*1
若干意味不明ですが、例えば「基礎」と「創薬」という意味でも「分野が変わる」ということなので。会社で中枢をやったとしても「分野が変わる」と考えています。

  1. 2008/03/03(月) 23:31:37|
  2. 日常@東京
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ツーリング~奥秩父・塩山~

 ツーリングに行ってきた…のはかなり前。ところどころ忘れていたけれどmixiの方には当日書き散らかしたのでそれを参考にしつつ…。


日にち:2007年10月28日(日)

・未明まで台風で雨が降っていたので出発を遅らせる→遠くまでは行けない
・濡れている高速は通りたくない→遠くまでは行けない
・紅葉を見たい→山?

ということで秩父へ。まああまり必然性はないのですが、必然性を求めてもしかたないので…。

(*1)→道の駅「果樹公園あしがくぼ」(*2)→道の駅「大滝温泉」(*3)→中津川峡(*4)→塩山(*5)→家(*6)


(*1)
7:20発

(*2)

三方開花秩父方面へ、いわゆる三方開花。「R299」としか覚えていないと道に迷ってしまうが目的地を覚えているので大丈夫。この直前に所沢市内で道を間違えたのは気のせい。



道の駅あしがくぼ道の駅「果樹公園あしがくぼ」に到着、9:50。ここまで80km位、ノンストップで来てしまったがそれほど疲れはない。出発時にマスツーの方々とタイミングが合った。他人のことは言えないのだが、まあ非常にうるさい。乗らない人から見たら同じ様にしか見られないと思うとがっくりくる。幸い向かう方向が逆だったのですぐに離れることができたが。



(*3)
 10:45、道の駅「大滝温泉」着。昨年と全く同じコースだが、季節が違うし、運転にも慣れたつもりなので景色を楽しむことができた。

道の駅大滝温泉(今年)
こちらが今年の写真。





道の駅大滝温泉(昨年)
こちらが昨年の写真。
写している方向がちょっと違うので比べづらいですが、写っているのは同じ川です。今年は台風の翌日なので川が濁っています。


(*4)
ループ橋中津川峡に向かう途中にあるループ橋。全体図を撮るのを忘れたのですが、下の道を右から左へと進み、ぐるっと回って上の道を右から左へと行きます。この写真は途中にあった公衆トイレの駐車場で撮影。写真を撮った後、Uターンを試みるも狭くて急斜面、あれれ…という間にこけるorz。ゆっくりだったので共に無傷。かなりテンションが下がったのも事実。

中津峡
中津川峡到着。紅葉の名所らしいが早すぎた。少し色づいているだけ。ちょっと早すぎたが、仕方がない。




中津峡2 道はだんだん細くなっていく。例によってこういう細い道を好んで通るわけですが…。大分ツーリングも慣れてきて、こういう風景を何回も通っているけど、毎回心が洗われる気がする。
 この道は中津川林道方面へと続く。中津川林道は長野側まで続いているのだが、ダートなのでSTではそもそも無理。台風の影響で通行止めだったのでオフ車の方が困っていた…。路面が濡れていて、しかも葉っぱが敷き詰めてあるので怖かったが、とりあえず行けるところまで行こう、とさらに進む…コーナーの向こうがいきなりダート…。止まろうとしたのだが、若干バランスをくずす。なんとか止まれたのだが、あれれ…という間にまたこけるorz。共に無事です。もうちょっと気をつけなきゃですね。

 気を取り直して日窒鉱山方面へ。まだ利用されている施設もあるみたいだが、廃墟らしきものもちらほら。廃墟マニアという方々もいるようだが、正直こういう雰囲気は嫌い。理由は不明だが、生理的に受け付けないとしか言いようがない。写真を撮る余裕すらなく、早々に立ち去った。
彩甲斐街道出会いの丘
 その後彩甲斐街道出会いの丘から遠くの山を望む。紅葉は中途半端だったけれどそれはそれでキレイ。




雁坂トンネル雁坂トンネルへ、原付は70円でSTは560円というのは…。雁坂トンネルは一般国道最長のトンネル。トンネル内はスピードが出がちなので抑えて走っていたら、後ろに二、三台ついてしまった。特に煽られたわけでもないのだが、片道一車線のトンネルというのは怖い。

(*5)
 山梨側のR140は「秩父往還」。この道は本当に快適だった。天気も良く、コケたことを一瞬忘れてしまった。彩甲斐街道「道の駅荒川村」あたりから雁坂トンネル経由で秩父往還山梨側、というのは東京近郊の山道では屈指のコースだと思う。急いでいたので、残念ながら道の駅「みとみ」、「花かげの郷まきおか」はスルー。

富士山
 遠くには雪景色の富士山。山梨に来たのは塩山にある「白彩」というお店が目的。しかし、非常に分かりづらく、30分位彷徨ってしまった。13:30着。




アナゴ丼
 目的がこの天丼。アナゴが飛び出ています。値段を忘れてしまったが、普通に安かったハズ。





(*6)
 家路につく。中央道と甲州街道で迷うが、猿橋に寄りたかったのと峠を走りたかった(*7)ので甲州街道で。途中大月にて同じ方向に走る青銀STを見つけ、しばらく並走した。滅多に見かけないのでうれしくてニヤニヤしていたらイエローカットして、行ってしまったorz。その後猿橋に寄る、15:30着。

猿橋1猿橋2
 確かにこういう橋は珍しい気がするが、いまいち凄さが分からなかった。残念。



 そのままひたすら甲州街道を快調に、とは行かず、八王子以東はずっと渋滞していた。これは本当に酷かった。
 反省:中央道八王子-高井戸は割安なので(たとえ上が渋滞していても)八王子から乗ればよかった。

 とりあえず無事に帰宅、19:30。

(*7)
峠は走るだけです、攻めません、攻めるような技量もない。

7292km→7626kmで334km、12時間10分。体力的にはかなり余裕だったが、もう少し気をつけないといけない。

ツーリングの目次はこちら
  1. 2008/03/02(日) 23:03:59|
  2. ST250
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論文メモ

Synaptic Protein Degradation Underlies Destabilization of Retrieved Fear Memory
Science. 2008 Feb 7 [Epub ahead of print]
Lee SH, Choi JH, Lee N, Lee HR, Kim JI, Yu NK, Choi SL, Lee SH, Kim H, Kaang BK.

Ubiquitin-proteasomeとcontextual fear conditioning。結局タンパク質合成も分解も重要だということですね*1
上記の論文はbehaviorだが、sliceレベルでの可塑性に関しては似たような報告がある。

A balance of protein synthesis and proteasome-dependent degradation determines the maintenance of LTP.
Neuron. 2006 Oct 19;52(2):239-45.
Fonseca R, Vabulas RM, Hartl FU, Bonhoeffer T, Nägerl UV.


Spine-type-specific recruitment of newly synthesized AMPA receptors with learning.
Matsuo N, Reijmers L, Mayford M.
Science. 2008 Feb 22;319(5866):1104-7.

 c-fos promoterにtTAを組み込む、さらにtetO promoterの下流にGluR1-GFPをつけたものを入れる。恐怖条件づけの際にc-fos promoterが働き、OFF DoxでGluR1-GFPが発現し、それを可視化できる。すなわちfear conditioning時に、新規に合成されたGluR1を可視化することができる*2
 するとFear Conditioning時に合成されたGluR1-GFPは選択的にMushroom typeのspineへとsortingされるらしい。これがどの程度機能的かは不明、学習への関与も不明、"synaptic tagging"モデルとは一致。


Complete Chemical Synthesis, Assembly, and Cloning of a Mycoplasma genitalium Genome.
Gibson DG, Benders GA, Andrews-Pfannkoch C, Denisova EA, Baden-Tillson H, Zaveri J, Stockwell TB, Brownley A,
Thomas DW, Algire MA, Merryman C, Young L, Noskov VN, Glass JI, Venter JC, Hutchison CA 3rd, Smith HO.
Science 29 February 2008: 1215-1220.

『スラッシュドット・ジャパン | 細菌のゲノムを人工的に合成することに成功』
 色々なところで結構話題になっていたな。結局は酵母を使っているのでどこまで「人工的」と言えるのかよくわからないですね(「人工的」の厳密な定義ってできているのですか?)。

*1
こう言ってしまうと「ある意味」当り前な気がするが。

*2
結局GFPは免疫染色しているのでHA tagとかの方が小さくていい気がするのですが…。
  1. 2008/03/01(土) 23:59:31|
  2. 論文
  3. | トラックバック:0
  4. | コメント:0

プロフィール

ikettie

Author:ikettie

・博士号(薬学)取得後、とある製薬企業の研究者になりました。
・大学と企業の違いに戸惑いながら日々の思考の変化を追っています。
・コメントお待ちしております。
・初めての方はこちらへどうぞ(070824改編)
・検索エンジンから「ST250」でいらした方はこちらへどうぞ

・ツーリングの目次はこちらです。
・トップ画像の拡大写真はこちら。2010年5月3日@萩ユースホステルからの夕日です。夕日を見送るのが好きなので、良くツーリング先で夕日を見送っています。



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