日々の戯言~研究とか薬とかST250とか~

その他ダイエットや就職活動記など色々な出来事の備忘録

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睡眠とGABA

Modulation of GABA(A) receptor desensitization uncouples sleep onset and maintenance in Drosophila.
Nat Neurosci. 2008 Jan 27 [Epub ahead of print]
Agosto J, Choi JC, Parisky KM, Stilwell G, Rosbash M, Griffith LC


睡眠とGABAA受容体について。GABAA受容体のmodulatorであるベンゾジアゼピン系薬物などがなじみ深い。どこかで聞いた話*1なのだが、ベンゾジアゼピンで寝ている時の「睡眠時の脳波」は薬物を投与されなかった時の「睡眠時の脳波」とは違うらしい。そのことから「より自然な睡眠を」というmotivationから開発された薬がロゼレム(ラメルテオン)。これはメラトニン受容体の作動薬。メラトニン受容体も複数あるが、それらへの親和性も色々考慮してあって、良い薬だ、みたいな話を武田の宮本先生に聞いた気がする。薬理学会誌にもかいてあったハズ…と思い調べてみたらあった。

不眠症治療薬開発の最前線
日本薬理学雑誌 Vol. 129 (2007) , No. 1 35-41
寺尾 晶, 宮本 政臣


この論文は全然違う話。
・ハエのGABAA受容体(Rdl)のA302S mutationによりsleep latency*2が低下する。
・カルバマゼピンを(wtに)投与するとsleep latencyが増加し、睡眠時間が低下する*3がRdl(A302S)をもつハエに投与するとsleep latencyの変化は見られない(アブストには睡眠時間については書いていないが本文図4)。
・カルバマゼピンによりRdlのGABAへの応答性は変化する(desensitizationが起こる)が、Rdl(A302)は変化しない。
・故にRdl受容体は睡眠時間ではなくsleep latencyに関与している。
「睡眠導入には効くけど、睡眠自体には影響を与えない」というのは寝付けない人には良さそうな感じだ…。

*1
キオクが曖昧なのでreferenceなしということで

*2
寝るまでの時間

*3
そもそもカルバマゼピンで睡眠時間が低下するのはオカシイと思うのですが…勘違いでしょうか


とここまで書いておいたら夕方にニュースが。

『asahi.com:武田、厚労省に不眠症治療薬の製造販売を承認申請 - ロイターニュース - ビジネス』
別に不眠症ではないが、この薬は飲んでみたい。
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  1. 2008/02/29(金) 22:25:09|
  2. 論文
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新型ST250ですよ

色々と挙動不審というか奇想天外な動きをするスズキに(ある意味予想通り)釣られた*1わけですが、無事発表されましたよ!これまでの個人的な経緯…。

FI化でE-typeだけ復活すると言う情報。まあE-typeだけでも残るなら御の字かと思う。
[『日々の戯言~研究とか薬とかST250とか~ FI化』(2007/10/20)]

公式ページで生産終了が発表される、ナゼ((((;゜Д゜)))
[『はねログ ST250生産終了』(2008/02/20)]

キタ━(゚∀゚)━!!!!!復活ですよ
[『はねログ 新型ST250発表!』(2008/02/25)]

どうやら気にしていた人は結構いるみたいですねー。もう安心ですよ♪
[『無駄に赤い部屋: 何気に…人気がある様で…』(2008/02/27)]



スズキ公式ページより


カッコイイですよ(*゚∀゚)=3

ところでノーマルは絶版ですかね、それはそれで少し寂しい…。

*1
「予想通り釣られる」というのは若干意味不明ですね
  1. 2008/02/28(木) 22:07:52|
  2. ST250
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才能とは…?

 『NHK プロフェッショナル 仕事の流儀』の再放送を昨日観た。主役は羽生善治氏(以下敬称全て略)。見始めてから気づいたのだが、実はまえに観たことがあった。それでももう一回全部観た、それ位の価値があると思う。「玲瓏」という単語が頻出したが、個人的にはそちらはどうでもいい。それよりもこちらの方が(毎回)印象に残る。

「才能とは、情熱や努力を継続できる力」

 羽生善治の言。なるほどな、と思う。好きなことでも毎日一時間を連続して二十年間続けることができるか?大抵の人・ことはできないと思う。将棋に関して言えば、勝たなければいけないため、結果も求められる。羽生も勝てない時期はあったでしょうが、それでも継続して努力し、勝ち続けることができるのはスゴイことだと思います。どことなく似ている世界*1があると思うのは気のせいでしょうか?結果が出なくてもすぐに投げ出さない、というのは蓋し一つの才能ですね。もちろんある程度のところで見切りをつける必要もあるのかもしれませんが。さて自分は…というと結構飽きっぽいところもあるので少しは見習いたいと思います。


 個人的には番組には敵役として登場していた森内俊之名人を応援している。放映当時森内は三冠だったが、現在は一冠。是非棋聖あたりを奪取してほしいところ。いや、とりあえずは名人を防衛してほしいところですかね。番組内では「ライバル」的な扱いをされていたので結構満足、佐藤康光や谷川浩司がほとんど出ていなかったのは残念だが。「情熱大陸」あたりで森内を取り上げたりしないですかね、結構期待しているのですが。今期防衛したらどうでしょうか?

*1
publish or perish

『棋士別成績一覧:羽生善治対森内俊之』
 番組の取材は2004年の上半期、ちょうど森内が竜王、王将、名人を奪取したころ。
  1. 2008/02/27(水) 21:16:01|
  2. 戯言
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「博士の生き方」アンケート

 『博士の生き方』でアンケートを実施しています。

『第4回アンケート調査の実施』

 実際にどの程度影響があるのかは良くわからないのですが、何もしないよりは良いと思います(追記:読み返してみると意図しない表現になっていますね。「自分は何もしないよりも、アンケートに答えた方が良い」ということで、アンケートの意義を問うているわけではありません。アンケート自体は有意義なものと考えています)。アンケートの対象者は「博士課程修了者(中退者含む)および今年度、博士課程修了予定の方(中退予定の方を含む)」とのことで、私は該当するので今回も回答させていただこうと思います。
 とりあえず回答期限まではトップにおいてみようかと思います。回答期限は2008年3月12日です。

 以上勝手に宣伝してみました(2008/02/26記)。
期限までは更新記事は↓にでます。
  1. 2008/02/26(火) 00:00:00|
  2. 博士・ポスドク問題
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錐体ニューロン樹状突起での局所的な動的シナプス学習規則

Locally dynamic synaptic learning rules in pyramidal neuron dendrites.
Nature. 2007 Dec 20;450(7173):1195-200.
Harvey CD, Svoboda K.

 「これは面白い」と思ったのだが、詳細に書いている時間がない、と言い訳。
 2光子顕微鏡を用いてグルタミン酸のアンケージングにより単一スパインを刺激している。図1が最重要。

 ここでは二種類のアンケージング刺激を用いており、便宜的に"強い刺激"と"弱い刺激"と呼ぶ。あるスパインを"強い刺激"で刺激するとLTPが誘導されるが"弱い刺激"で刺激してもLTPは誘導されない、そういう刺激を用いる。
 スパインAを"強い刺激"で刺激する。そしてスパインAの近傍にあるスパインBを"弱い刺激"で刺激する。すると、単独ではLTPを誘導しない"弱い刺激"で刺激したにも関わらずスパインBでもLTPが誘導される。

 他の図は二種類の刺激のタイミングやスパイン間の距離、薬理など。文献紹介で聞いていただけなのだが、普通に楽しめた。


 ところで論文を取り上げるのは所属を書く以上に微妙ですね。「何に興味を持っているのか」ということがわかってしまう。今は、あまりにも近い分野の論文は避けているのだが、これも入社したら考えものですね。ニュースになる位の論文をさらっと述べる位が適当なのかな…?あまり分野外の論文をおおっぴらに読むのも憚られるし…それは今もですが(-_-;)
 
  1. 2008/02/25(月) 19:14:50|
  2. 論文
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農薬メモ

 食品に色々混ざっていたことが明らかになったわけですが、一度に出過ぎではないかという気がする。食品偽装のときも芋づる式に出てきたと思うのだが、「一度に出れば非難の矛先も分散する」とでも言うような思考なのだろうか?しかし、「農薬が検出された」という見掛け上同じ現象でも本質的には全く異なることが起こっている気がする。「人為的に」混ぜられ、検出された場合はともかくとして、残留農薬として検出されるのは、どういうことなのだろうか。普段のチェック体制の程度が良くわからないので完全に妄想なのですが、これは今回に限ったことではないのではないかと勘繰りたくもなりますな。

パラチオンこれがパラチオン。新聞報道では「致死量は耳かきいっぱい」とのこと、もう少し定量的に書いて欲しいものだ。摂取経路により致死量は変わってくるのだが、経口摂取でのLD50はラット、マウスでは5-30 mg/kg程度らしい。ヒトではもう少し低くなりそうなものだが、大雑把に計算してしまうと体重50kgの人での致死量は数百mg-1g程度かな。吸収されると速やかに代謝され、SがOに置換されるらしい。




パラオキソン
これがその代謝産物、パラオキソン。実はこちらが活性本体らしい。他の「有機リン農薬」同様アセチルコリンエステラーゼ阻害作用を有する。






ホレート
これがホレート、聞いたこともなかった。まあリンの周囲が似ている気がしますが、有機化学屋さんではないのでちょっとわかりません。これもSがOに置換されてから作用を引き起こすのでしょうか?





メタミドホスジクロルボスついでというわけではないが、他の化合物も…左がメタミドホス、右がジクロルボス。構造の表記の仕方が統一されていないのは有機化合物の構造を描く絵心がないためです(>_<)。


サリン
これはご存じサリン。似ている…かな。







パラコート
パラチオンと名前がちょっと似ているので一瞬ごっちゃになった化合物、こちらはパラコート。見た目も違えば作用機序も違う。パラコートは細胞内でNADPHなどから電子を受け取り、ラジカルの発生源として働く。神経系では黒質-線条体神経を破壊し、パーキンソン様症状を引き起こす。似たような作用機序で有名なものはMPTPなど。



  1. 2008/02/22(金) 22:43:19|
  2. 戯言
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修士発表練習

 研究室の発表の練習。まあ結構厳しかったり、色々な意味でアレなのだが…。自分も余計かな…ということを言ってしまったけど。
 とりあえず終了、M2のみなさまお疲れ様でした。春はもうすぐですよ、頑張って(`・ω・´)


 ところで (`・ω・´) のAAだが、バイク板発祥*1だとは知らなかった。いや、だからどうとかいうことではないのだが…。

*1
『シャキーン侍 - Wikipedia』
  1. 2008/02/21(木) 23:24:06|
  2. 研究室
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マウスは風邪を引くのか?

 適切なモデル動物の存在は疾患の治療を行う上で非常に重要だ。逆に適切なモデル動物がいない場合は難航することが多い。従って「適切なモデル動物の作製」というのも重要な研究分野。

Mouse models of rhinovirus-induced disease and exacerbation of allergic airway inflammation.
Nat Med. 2008 Feb;14(2):199-204.
Bartlett NW, Walton RP, Edwards MR, Aniscenko J, Caramori G, Zhu J, Glanville N, Choy KJ, Jourdan P, Burnet J, Tuthill TJ, Pedrick MS, Hurle MJ, Plumpton C, Sharp NA, Bussell JN, Swallow DM, Schwarze J, Guy B, Almond JW, Jeffery PK, Lloyd CM, Papi A, Killington RA, Rowlands DJ, Blair ED, Clarke NJ, Johnston SL.

 風邪の主要な原因(の一つ)として知られるライノウイルス(の約90%は)はヒトやサルなどにしか感染しない、すなわちマウスには感染しない。その理由は、その細胞受容体としてヒト細胞間接着分子(ICAM-1)を用いており、マウスICAM-1には結合しないため。
 この論文ではマウス-ヒトICAM-1キメラを発現するトランスジェニックBALB/cマウスを作製した。するとライノウイルスに感染することおよびアレルギー性気道炎症のライノウイルスが誘導する悪化する、ということが報告されている。

 これが風邪なのかどうかは良くわからないが、とりあえず私の風邪も早く治りますように…。
  1. 2008/02/20(水) 22:36:16|
  2. 論文
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『生物と無生物のあいだ』を読んだ

生物と無生物のあいだ (講談社現代新書 1891)生物と無生物のあいだ (講談社現代新書 1891)
(2007/05/18)
福岡 伸一

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 今更だけど『生物と無生物のあいだ』を読んだ。まともな書評などは書けないので個人的に感じたことを適当に。

<目次>

ヨークアベニュー、66丁目、ニューヨーク
アンサング・ヒーロー
フォー・レター・ワード
シャルガフのパズル
サーファー・ゲッツ・ノーベルプライズ
ダークサイド・オブ・DNA
チャンスは、準備された心に降り立つ
原子が秩序を生み出すとき
動的平衡とは何か
タンパク質のかすかな口づけ
内部の内部は外部である
細胞膜のダイナミズム
膜にかたちを与えるもの
数・タイミング・ノックアウト
時間という名の解けない折り紙
(「BOOK」データベースより)

・内容はかなり平易、著者の個人的な体験記以外は基本的に知っていたこと。だからと言ってつまらないわけではなく、面白く読めた。

・分子生物学史(?)を大枠を捉えるという意味では良いと思うが、個人的には『Molecular Biology of the Cell』あたりを読んだ方が良いと思う。もちろん時間が無い、それほど専門的なことを知る必要がない、などという人にはちょうど良いかもしれない。

・部分部分は他の本の方が詳細に乗っているかもしれない。例えば「ダークサイド・オブ・DNA」は『二重らせん』など。

・研究は「競争」という面があることも事実であり、そういうことも筆者の体験からひしひしと伝わってきた。そういう点でも良い文章だったと思う。教科書などの記載からはあたかもあっさりと結果が得られてしまうような錯覚を覚えることもあるが、実際にそれほど簡単にいくことは少ない。産みの苦しみの様な生の声をこのような「形」として研究未経験者に伝えることができているというのは良いことかと。
 院生やポスドク、教員の方々のブログを読んでいた方がはるかに「生」なのだが*1、研究未経験者はそういうブログをあまり読まないのではないかと思う。

・最後はGP2というタンパク質のノックアウトマウスについての話。結果としては見掛け上no phenotypeで、compensationが起こっていると思われる。当時は技術的に無理だったのかもしれないが、現在はconditional knockoutやknock downなどの技術も進歩しているので、そのあたりの検討が行われていると思うのだが…続きが激しく気になるが、残念ながら記載されていない。フォローもできなかった(>_<)

・「痛み」というキーワードを挙げる方もいらっしゃる*2

動的な平衡とは、著者が指摘する生命の本質であると同時に、著者の心のありさまでもある。その痛さと強さに、私は心を打たれずにはいられなかった。科学者として生きるというのは、これほどの痛みを伴い、これほどの強さを要するのか、と。
『404 Blog Not Found:書評 - 生物と無生物のあいだ』


 正直この本を読んでもこのような「痛み」は感じなかった。いや、普段このような「痛み」を感じていないかといわれると、そうでもないのだが、改めてこの本から「痛み」を感じたか、と問われると答えはNoだ。それはこの「痛み」を当たり前のものとして認識しているためかと思う。これは教授だろうが院生だろうが関係なく、研究に携わる人間全員が共有しているのではないかと思う*3。もちろんそれを一般書に書くことができるかどうかということは別の話だけど。

・第15章 時間という名の解けない折り紙 の後半部が特に良かったと思う。一部引用([ ]内および下線部は引用者による)。

今、私の目の前にいるGP2ノックアウトマウスは、飼育ゲージの中で何事もなく一心に餌を食べている。しかしここに出現している正常さは、遺伝子欠損がなんの影響ももたらさなかったものとしてあるのではない。つまりGP2は無用の長物ではない。おそらくGP2には細胞膜に対する重要な役割が課せられている[*4]。ここに今、見えていることは、生命という動的平衡が、GP2の欠落を、ある時点以降、見事に埋め合わせた結果なのだ。正常さは、欠落に対するさまざまな応答と適応の連鎖、つまりリアクションの帰趨によって作り出された別の平衡としてここにあるのだ。
 私たちは遺伝子をひとつ失ったマウスに何事も起こらなかったことに落胆するのではなく、何事も起こらなかったことに驚愕すべきなのである。動的な平衡がもつ、やわらかな適応力と滑らかな復元力の大きさにこそ驚嘆すべきなのだ。
 結局、私たちが明らかにできたことは、生命を機械的に、操作的に扱うことの不可能性だったのである。
(p.271-272)


 最後の一文がなんとも無力感を感じる文章だが、それが実感現実なのだろうな。

・結局「生物」と「無生物」のあいだに何があるのだろうか?「生物」の定義が問われている。福岡先生自身はその答えを動的平衡であると考えていらっしゃるようだが、これに賛成する人もいれば反対する人もいるだろう。まだまだ「生物」の定義すら出来ず、そういう意味では「生物学」という学問の範囲も曖昧なのだろうな。いや、生物学に限らず、境界を明確に引くのは難しい、というのは多くの「~学」に対してあてはまるのかもしれない(明確に引くことが可能なのか否かすらわからないけど)。

・なお、一部に不正確な表現、不確実な物事を断定的に述べているような点がある。

・読み物としては良かった。
★★★★☆


*1
変な表現…「はるかに生々しい」かな

*2
Dan Kogaiさんの書評やhttp://blog.livedoor.jp/rkazuki/archives/50958066.htmlなど

*3
競争を止めてしまい、政治にしか興味がない人もいるけど

*4
このあたりの根拠は記載されていない

参考

Molecular Biology of the CellMolecular Biology of the Cell
(2001/11/01)
Bruce Alberts、Et Al 他

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  1. 2008/02/19(火) 22:04:05|
  2. 戯言
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人間は万能ではない

 当然人間たる医師も。

『2.18 - 新小児科医のつぶやき』
(via 『我々は福島大野病院事件で逮捕された産婦人科医師の無罪を信じ支援し - NATROMの日記』
  1. 2008/02/18(月) 22:20:28|
  2. 戯言
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週末を生きる

 土曜日、映画を見に行った。 『陰日向に咲く』
 映画は久しぶり、学生料金で入るのはこれが最後だろう。それでも1500円は高いね[追記:「映画の内容に対して1500円は高い」ということではなく、「映画を見るという行為に1500円は高い」ということです。映画自体はそれなりに楽しめました]。その後バイキングへ(http://takano.jp/product/shinjyuku/5f_bar.html)。ちょっと食べすぎたかな(^^;)。久しぶりに楽しい一日を過ごせた。
 日曜日は個人的な区切り、また新たな一年が始まる。


 『生きる』(谷川俊太郎)

  1. 2008/02/17(日) 23:25:25|
  2. 日常@東京
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最近のST号

 最近STさんの話題が全くないと思った方>正解です
 調べてみたら今年はまだ一回も書いていませんでした。一月中は二回くらい、計30km位乗ったのですが、二月は一回も乗っていませんでした。ううむ、乗っていないなあ。忙しさというよりも寒さの方に原因があるのですが、これではあんまりなので、昨日夕飯を家で食べ、STさんで再登校しました。
 歩いて20分、チャリで10分程度なのですぐに着いてしまうのですが、やはり気持ちイイ(・∀・)


そんな中、ある意味予想通りだが、安堵したこともある。
『無駄に赤い部屋: お待たせ♪ご報告です!』(via 『はねログ モーターサイクリスト』

ST250、FI化決定的ですよ(・∀・)
  1. 2008/02/15(金) 23:11:43|
  2. ST250
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富士フイルム 富山化学を買収へ

 『時事ドットコム:富山化学を買収へ=総額1000億円超-富士フイルム』

 これは意外だった。
 『開発中の新薬:富山化学工業株式会社』 
 T-817MA、T-705、T-3811など。


つづき
『日々の戯言~研究とか薬とかST250とか~ 富士(フイルム)+富山(化学)=富士山?』(2008.03.05)
  1. 2008/02/13(水) 20:49:11|
  2. 薬・製薬会社
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2008年1月を振り返る

 前半は博論でつぶれてしまった。「本当に間に合うのかな」とか思っていたけど、何とか間に合った。
 後半は審査、これは4人の教員との面談形式で、全て合わせると4時間半くらいかな。20分の発表、10分の質疑応答と合わせると全部で5時間程度の審査。主査が指導教員なので、厳密な意味での審査は三年間だったということになる。

 とある副査の先生が仰っていたのだが、最後になって、「なんでここを詰めていないのか」とか、「なんでこちらの実験を行ったのか(別の方に注目してもよいのではないか)」など言ってもお互い困る。どこかで中間審査のような形で外部の教員とdiscussionを行った方が良いのでは、とのこと。
 個人的にもこの案の方が現状よりも良いと思うのだが、不完全だとしても、現状のシステムでとりあえず修了がようやく形として見えてきた。

 投稿論文の方はまだまだ書く段階で四苦八苦中。追加の実験も進行中、これは今週中に終わる。

1月
(2007年8月~)
ユニークアクセス19374
トータルアクセス38189
とりあえず半年でどのくらい見られているのか、ということを知りたかったので集計していただけですが、単純に180で割ってしまうと大体100人/日くらいですかね。


 あとどこかで見つけた『早起き生活』で起床時間を一ヶ月間記録していたのですが、これはもういいかな、という気がする(消しちゃいました)。起きる時間は寝る時間にかなりdependするのでなんとも言えないですねー。
  1. 2008/02/12(火) 23:47:08|
  2. 戯言
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回転寿司にて…答え

 先日の問題に対する答えです。問題を見ていない方はこちらを先にどうぞ。



[回転寿司にて…答え]の続きを読む
  1. 2008/02/11(月) 23:13:43|
  2. 日常@東京
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回転寿司にて…問題

 たまには回っていないすし屋に行きたいものだが、まあ回っているところは回っているところでそれもいい。

 そこのチラシより出題。

問題


 明日、明後日と家族旅行。帰省を除けば何年ぶりだろうか…というくらい久し振り。答えはまた後日。


 某日記で薦めてあった株を購入。100株で26800円、無配なのだが株主優待券として3000円分の商品券。これは良い(と思う)。
  1. 2008/02/09(土) 23:37:14|
  2. 日常@東京
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シナプスのお相手をGFPの再構成により知る

GFP Reconstitution Across Synaptic Partners (GRASP) Defines Cell Contacts and Synapses in Living Nervous Systems
Neuron. 2008 Feb 7;57(3):353-63.
Evan H. Feinberg, Miri K. VanHoven, Andres Bendesky, George Wang, Richard D. Fetter, Kang Shen, and Cornelia I. Bargmann

 方法の論文をナナメ読み、例によって不備があるかとは思います。

 GFP Reconstitution Across Synaptic Partners (GRASP)という方法、これだけだと若干意味不明。GFPの一部を"fragment"とし、二種類のfragmentを別々の細胞に発現させる。一つ目のfragmentは1番-214番残基(spGFP1-10)、二つ目のfragmentは215番-230番残基(spGFP11)、どちらかだけでは光らないが、光らせるにはこれらの2つのfragmentのinteractionで十分らしい。
 そこで二つの細胞にそれぞれを発現させれば、細胞同士が近接しているところではspGFP1-10とspGFP11がinteractionし、GFPの蛍光が観察されるに違いない!?実際には、発現させただけでは細胞のどこに局在するのかは制御できない。細胞間のinteractionを見る場合には細胞外へとこれらのfragmentが向かせるような工夫が必要。


基本的には図1で語りつくされている。

 まずT cell proteinであるCD4にspGFPをくっつけると2種類のfragmentは細胞外へと出される。そして、細胞同士が近接している場合にはそれぞれが結合し、発色団を形成する。例えば、CD4::spGFP1-10を発現している細胞とCD4::spGFP11を発現している細胞が近接していると蛍光を発する(図1Aの左)。

 しかし、これでは細胞同士が近接していることを検出する場合は十分なのだが、シナプスか否か、ということになるとこれでは不十分。そこでPTP-3というタンパク質にGFP fragmentを結合させる。PTP-3AはLAR/receptor tyrosine phosphatase familyの一種で、プレシナプスに限局しているらしい。すなわち、細胞AにCD4::spGFP1-10、細胞BにPTP-3::spGFP11を発現させた場合、緑色の蛍光が見えるところは細胞Aと細胞Bが近接しており、なおかつ細胞Bのプレシナプスだということになる(細胞Aはポストシナプス)。これはシナプスというだけでなく、投射の方向性も分かる(図1Aの中)。

 最後にプレ、ポストの両側に局在しているタンパク質、neuroligin、に着目。脊椎動物では、neuroliginはどちらかというとポストシナプスに局在し、プレシナプスのneurexinとinteractする。線虫のホモログ[C40C9.5 (nlg-1)]もどちらかというとポストシナプス側に発現しているが、プレシナプスにも発現しているらしい(NLG-1::YFPの分布を観察)。そこでNLG1::spGFP1-10とNLG::spGFP11を別の細胞に発現させたところ、見事に光ったという話。ここでは投射の方向性はわからないが、そこにシナプスがあるということがわかる(図1Aの右)。
 ところでこれはneuroligin自体の局在制御の影響は大丈夫なのでしょうか?「そこにシナプスがある」という時のはともかくとして、「neuroliginのないシナプス」というのがあった場合、そこは光らないのだが…。そんなシナプスは無いの?


 それはともかくとして…これらspGFPを細胞腫特異的なプロモーターで発現させるとある種のneuronとある種のneuronのsynapseを生きたまま可視化することが可能となる。

 例えば図6のA-C。
 HSN細胞(?)でPTP-3A::spGFP11とmCherryを、vulval muscleでCD4::spGFP1-10をそれぞれ発現させる。するとかなり局所的に、具体的にはHSN細胞とvuval muscleのシナプスにおいてのみ、GFPの蛍光が観察される。すなわちGFPの蛍光がシナプスのマーカーとなっている。もちろん線虫は生きたまま。

 D-Fも同様だが、vulval muscleの代わりにVC細胞を使っている。アステリスク部が光っているのははautofluorescenceらしい、他の(CD4::sp1-10を発現している)VC細胞と接着しているのだろう…と一瞬思ったのだが、spGFP1-10がいくらあっても光らないはずなんですよね。ここはなんで光っているのだろうか?これはちゃんと読めばわかるのかな…?


Q.なぜGFPの再構成であってFRETではないのか?

A.おそらく量子収率(?)などを考えると一種類で済ませた方がはるかに蛍光が強いに違いない。また、図にもあるようにmCherryなどを共発現させることを考えると一種類の方が良い。距離的なことはFRETの方が長そうだ…(ただの印象ですが)。


 これは線虫での報告だが、脊椎動物でも実験することが可能。もちろん遺伝学的手法ではなくとも。CA3、CA1の錐体細胞にそれぞれ別のspGFP(CA3錐体細胞側にPTP-3Aのオーソログ結合型)の遺伝子を導入をして、in vivoでシナプスの形成(スパインの形成ではなく)をリアルタイムで観察できるかもしれない。越えるべきハードルは多く、高いが、原理的にはうちでもできる…ハズ。


 よくこんなことが思いつくな、と思ったが、どうやらGFPのreconstitutionというのは2000年あたりからもうあったみたいだ。さらっと見た感じでは二報ほど引かれていた。

Antiparallel Leucine Zipper-Directed Protein Reassembly: Application to the Green Fluorescent Protein
J. Am. Chem. Soc., 122 (23), 5658 -5659, 2000.
Ghosh I,Hamilton A, and Regan L

Combinatorial marking of cells and organelles with reconstituted fluorescent proteins.
Cell. 2004 Oct 1;119(1):137-44.
Zhang S, Ma C, Chalfie M.



余談だが、GFPの発見者は日本人。

Extraction, purification and properties of aequorin, a bioluminescent protein from the luminous hydromedusan, Aequorea.
J Cell Comp Physiol. 1962 Jun;59:223-39.
SHIMOMURA O, JOHNSON FH, SAIGA Y.

『【知の先端】発光生物学者・下村脩さん 緑色蛍光タンパク質を発見 (1/5ページ) - MSN産経ニュース』


2008.03.13追記
『もっと,光を! - ある研究者の脳内開示 - 楽天ブログ(Blog)』よりTBを頂いたらしいが、反映されなかった。こちらから送ってみます。

  1. 2008/02/08(金) 05:10:42|
  2. 論文
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大人の神経幹細胞は記憶に必要である

 タイトルは若干意訳してあるのだが、ニュアンスは大体あっているはず(全くscientificではない…)。まあNature Podcastで知り、アブストを斜め読みしかしていないので。正直理解しきれているのかすらわからないが、認識している範囲内では、スゴイ、の一言。ちゃんと読んだら何か書くかも…。

A role for adult TLX-positive neural stem cells in learning and behaviour.
Nature. 2008 Jan 30 [Epub ahead of print]
Zhang CL, Zou Y, He W, Gage FH, Evans RM.

  1. 2008/02/07(木) 00:37:48|
  2. 論文
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会社もいろいろ

『製薬大手8社、08年3月期-5社増収増益見込む:日刊工業新聞』

国内製薬大手8社の08年3月期は主力製剤の堅調に加え、海外市場の伸長、新製品効果で5社が増収増益を見込む。



記事の中ではアステラス、第一三共、大正製薬、エーザイについてのみ言及されている。もう一社あるとしたらやはり武田かな。あとの三社は中外、大塚、田辺三菱ですか?


 武田とアムジェン。

『武田が米製薬日本法人買収 バイオ最大手アムジェン』(中日新聞)
『米アムジェン:日本法人の売却検討、業績悪化でコスト削減-関係者  Bloomberg.co.jp: 日本』

 国内限定の開発・販売というのがどのくらいメリットがあることなのでしょうか?もちろん「ある」と踏んでのことだと思いますが、イマイチよく分からない。
 
 買収・合併などはまだ続くと思います。以前も書いたかもしれませんが、私の勤務先もいずれ合併するものと思っています。お相手も何となくですが、あそこだろうな…というのはあったり(^^;)。まあどうなることやら。


 アステラスについての「また前期に比べて研究開発費が減少することが利益を押し上げる」

という記載については『アステラス製薬 (NB100):NBonline(日経ビジネス オンライン)』に少し書いてある。



中外は先週末ストップ安だったのですね。週が明けてもこの流れは変わっていないようで、今週も売り優勢ですね。

『2連続STOP安を喫した中外製薬(4519)はなお下げ止まれず 本日も売り優勢の展開が続く:投資&お金活用実践Webマガジン MONEYzine(マネージン)』

 その理由として、08年度の会社計画が52.8%営業減益の315億円となったことが嫌気されているためらしい。その、営業減益の理由、として挙げられているのが「薬価引き下げ、タミフルの国家備蓄売上の減少、販売提携の終了、エポジンの価格引下げに加えて、償却や工場移転に伴う試運転の費用や、新製品拡販や市販後調査に伴う費用増など」。

 そういえば今冬はタミフルの話題がそれほど出てこないような気がするのですが、インフルエンザが流行っていないのか、タミフルが処方されていない・処方量が減っているのか、どうなんでしょうか?

いつも参考にしています:
『タミフルで異常行動が半減するという厚労省解析は誤り - NATROMの日記』
http://d.hatena.ne.jp/NATROM/20080117
  1. 2008/02/05(火) 22:47:46|
  2. 薬・製薬会社
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インパクトファクターと「大学の生産性」について

 自分が何かを言えるようなことでもないけれど。
 そもそも分野が違えば研究者人口など種々の要因が違うのは自明。これは「生物と物理」という分野の違いではなく、例えば「中枢と心臓」の研究の違い、さらに言ってしまえば「神経化学(neurochemistry)か神経生理学(neurophysiology)」などでも状況は異なる。これで単純に数値を比べているのは、単位が異なるものをその絶対値の大きさだけで比べているような感じ。1mと10g、どちらが熱い?勿論これは完全に言い過ぎなのだが、全くの的外れかというとそうでもないと思う。
 また、IF自体は平均のみでSD値は書いていない。例数なども調べないとわからない。そういう状況で、その平均だけで比べることにどれだけ意味があるのだろうか?例えば、実験データで計測値の平均値だけをだして、例数、SD値などを全く気にせず、検定もせずに「高い・低い」という評価を下す人がどの程度いるのかな?

 一つ一つの論文がどの程度引用されているのか、という評価法も考えられるが、分野の研究者人口が異なることから問題点があることは間違いない。

 IFもある程度の指標になるのは間違いないとは思うのだが、その数値だけでその人やその雑誌に載っている論文の評価をするのはどうなんでしょうね。個人的にIFは「読んでくれる人の数」程度にしか認識していない。そのままlinearityがあるとは思えないが、高IFの雑誌は読んでくれる人が多いかな、という気がするので。自分が定期的に目を通す雑誌も、専門的なものを除けば、そういう傾向にある。

 まあこういうことは高IFの雑誌に載せて、初めて意味がある文章になるのかもしれない(´・ω・`)…。別に自分がIFの低い雑誌にしか載せていないから僻んでいる、とかそういう話ではないのですよ、一応。あと「数値としてのIF」には疑問があるけれど、「載せたい雑誌」や「雑誌のランク」という様な概念自体は否定しない。もちろん自分の中にもそのようなものはある。

 そういうことを島岡先生の文章を読んで少しだけ思った。

『ハーバード大学医学部留学・独立日記 ... インパクトファクターについて知っておくべき10の真実』


 ではIFを気にせずにとにかく数をだせば良いのか?

『asahi.com:東大の論文、1本1845万円 国立大でコスト最大級 - 社会』

東大より上の8校は東京外国語大や一橋大といった文系などの大学で論文数が少ないために生産費が高く出ているだけで、実質的には東大が最も高かった。


 この部分はミスリーディング。「文理」という区分の仕方が明確にあるということが前提であり、しかも「文系だから除く」という操作をするならば、東大やその他の大学からも「文系の論文」を除く必要がある(研究費からも数からも)。表に挙げられている大学は(おそらく)東工大を除けば全て文理混合。各大学の「文系」の論文や研究費の程度も数値として割合も出して欲しいところですね。また、論文だけでなく特許などの評価法もあるかと思います。そういう調査もあるはずなのですがそちらはどうなっているのでしょうか?単純な疑問なのですが、ちゃんと調べればどこかにあるはず。

研究費の配分問題に詳しい竹内淳・早稲田大教授は「少ない費用で優れた成果を出している地方の国立大にも研究費を正当に配分するような制度に変える必要がある」と話している。


というのは基本的に賛成。総額が一定で再分配する、ということをするならばはどこかの大学(東大?)の研究費を削る必要がある。それよりも研究費の総額を上げることの方がい良いかと思うのだが、実際には難しいでしょうね。

 もう一点の疑問点としては、全ての論文を同等に扱ってしまっていること。別にIFで計算すれば済む問題だとは思っていないし、学問に貴賤があるのかどうかは議論があることなのかもしれないけれど、画期的な論文が出るにはある程度の下地は必要かと。

 この記事に関しては他にもちょっとおかしいと思うところはあるけれど、研究費はもっと広く、ということ自体には賛成なので、

東大の岡村定矩(さだのり)副学長(研究担当)は「いろいろな統計データがあるので、とくにコメントすることはない」としている。


というような取り付く島もないコメントを読むと脱力してしまう。


 IFについては、基本的に言いたいことはmapleflyさんが述べていらっしゃるがメモとして書いておいた。
『ハエが星見た : インパクトファクターと独創的研究』
  1. 2008/02/04(月) 23:45:23|
  2. 戯言
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色々悩ましいですね~

 一、二日更新しなくてもカウンターの回りはあまり変わらないものですね。一瞬、ひょっとしてファンとかいるのσ(゜∀゜)とか勘違いしてしまいまった。メタミドホスで来る人がちょっと多いのかな。まあ一、二日位じゃ変わらないか。


 精神的にちょっと辛い出来事があった。まあ進行形なのですが。

 ここ34ヶ月間で、私の頭の中を占める割合が最も多かった「問題」が解決しそう。数えてみたら、博士課程はその「問題」とともにあったのですね。でも解決なのかな、とりあえずある一定の答えは出そう。良い方向に転ぶ可能性は結構低いと思うのだが、たとえ倒れたとしても生まれ変わってその先へと行けそう。

今日は倒れた 旅人たちも
生まれ変わって 歩きだすよ

『時代』(中島みゆき)



後悔しないよう頑張ろう(`・ω・´)。
  1. 2008/02/02(土) 23:21:48|
  2. 日常@東京
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